Ο πρώτος κατάλογος των πρωτεϊνών του ανθρώπινου σώματος
Το πρωτέωμα (proteome) είναι ένας κατάλογος με κάθε πρωτεΐνη που παράγει ένας οργανισμός. Δύο ομάδες επιστημόνων δημοσίευσαν ένα προσχέδιο του ανθρώπινου πρωτεώματος. Ας δούμε τι ποσότητες παράγουμε.
- Πληροφορίες
- Βιοχημεία & Μοριακή Βιολογία
1η ερευνητική ομάδα
Στην πρώτη ερευνητική ομάδα συμμετείχαν 72 επιστήμονες από έξι χώρες, τις Η.Π.Α., την Ινδία, τον Καναδά, την Χιλή, την Αγγλίας και το Χονγκ Κονγκ.
Αυτή η ομάδα έψαξε για πρωτεΐνες σε 17 όργανα ενηλίκων, όπως αυτά του μετωπιαίου φλοιού του εγκεφάλου, του αμφιβληστροειδούς του ματιού, των ωοθηκών, των όρχεων και άλλων. Μελέτησε επίσης 6 τύπους κύριων αιμοποιητικών κυττάρων, ενώ ανέλυσε και 7 δείγματα από όργανα ανθρώπινων εμβρύων.
Συνολικά αναγνώρισαν πρωτεΐνες που παράγονται από 17.294 γονίδια, τα οποία αντιστοιχούν περίπου στο 84% του συνόλου των γονιδίων που έχουν αναγνωριστεί ότι παράγουν πρωτεΐνες. Από αυτά, τα 2.535 γονίδια βρέθηκε ότι παράγουν πρωτεΐνες που δεν είχαν περιγραφεί από την επιστημονική κοινότητα ως τώρα. Τα 193 δεν είχαν περιγραφεί καν σαν γονίδια που ευθύνονται για την παραγωγή πρωτεϊνών.
Αυτός ο κατάλογος είναι διαθέσιμος στην ιστοσελίδα http://www.humanproteomemap.org θα συμπληρώσει τα υπόλοιπα διαθέσιμα δεδομένα του ανθρώπινου γονιδιώματος και του τρανσκριπτώματος και θα βελτιώσει την βιοϊατρική έρευνα.
2η ερευνητική ομάδα
Στη δεύτερη ερευνητική ομάδα συμμετείχαν 22 επιστήμονες από διαφορετικά ιδρύματα στη Γερμανία και βρήκαν σχετικά παρόμοια αποτελέσματα αλλά όχι τα ίδια. Αναγνώρισαν 18.907 γονίδια τα οποία είναι υπεύθυνα για την παραγωγή 86.771 πρωτεϊνών.
Οι επιστήμονες δείχνουν μεγάλο ενδιαφέρον για τις πρωτεΐνες αφού είναι τα εκτελεστικά όργανα του οργανισμού μας. Συνθέτουν, αποικοδομούν, καταλύουν αντιδράσεις, ρυθμίζουν βιοχημικά μονοπάτια. Αυτές είναι άλλωστε τα προϊόντα του DNA, αφού όλα τα γονίδια που υπάρχουν φέρουν την πληροφορία για την παραγωγή πρωτεϊνών. Όταν κάποιος έχει μία γενετική ασθένεια, έχει μία ή και περισσότερες δυσλειτουργικές πρωτεΐνες.
Ένα μέρος των αποκλίσεων ανάμεσα στα ευρήμτα οφείλεται στο ότι δεν κωδικοποιεί όλο το DNA σε πρωτεΐνες αφού αποτελείται και από μη κωδικές περιοχές που μπορεί να είναι εξελικτικά κατάλοιπα ή να ρυθμίζουν την έκφραση των γονιδίων. Πριν χρόνια, όταν οι επιστήμονες είχαν αποκρυπτογραφήσει το DNA, είχαν δημιουργήσει αλγόριθμους για την πρόβλεψη των γονιδίων, βάσει της αλληλουχίας του DNA. Τα 193 γονίδια που αναγνωρίστηκαν από την πρώτη ομάδα, είχαν ταξινομηθεί με βάση αυτούς τους αλγόριθμούς στις μη κωδικές περιοχές. Αυτό αποδεικνύει ότι οι πρακτικές δεν είναι πάντα σωστές και πρέπει να αμφισβητούνται. Όλες οι ερευνητικές ομάδες λειτουργούν επικουρικά η μία στην άλλη συμπληρώνοντας και διορθώνοντας τα επιστημονικά ευρήματα στην προσπάθεια αποσαφήνισης των βιολογικών μηχανισμών.
--
Πηγές:
εικόνα εξωφύλλου: AzaToth - self made based on PDB entry
Kim, M. S., Pinto, S. M., Getnet, D., Nirujogi, R. S., Manda, S. S., Chaerkady, R., ... & Shaw, P. G. (2014). A draft map of the human proteome. Nature,509(7502), 575-581.
