Φυσικά η ειδογένεση δεν αποτελεί δημιουργία ενός είδους από το μηδέν. Συνήθως το νέο είδος προκύπτει από ένα αρχικό είδος λόγω μιας γενετικής μετάλλαξης η οποία προϋπάρχει ή δημιουργείται εκ νέου σε κάποια από τα άτομα ενός αρχικού πληθυσμού. Τα γονίδια αυτά συνυπάρχουν στον πληθυσμό μαζί με άλλα σε μια γενετική "δεξαμενή" και το καθένα από αυτά είναι υπεύθυνο για διαφορετικές ιδιότητες στο φαινότυπο των ατόμων του πληθυσμού ενός είδους. Ανάλογα με τις επικρατούσες συνθήκες του περιβάλλοντος ευνοείται και το κατάλληλο χαρακτηριστικό οπότε είναι και αυτό που τελικά επικρατεί.
Η ειδογένεση ουσιαστικά ευνοείται από την ανάπτυξη γενετικών φραγμών στη ροή των γονιδίων μεταξύ των πληθυσμών. Αυτή οφείλεται σε γεωγραφική απομόνωση ή σε γενετικά γεγονότα που συνεπάγονται την αναπαραγωγική απομόνωση. Παρόλα αυτά, σύμφωνα με τον Ernst Mayr, η γεωγραφική απομόνωση είναι σχεδόν πάντα απαραίτητη προϋπόθεση για την ειδογένεση. Δεν είναι άλλωστε τυχαία η ποικιλία ειδών που συναντάται στα πολυφημισμένα νησιά Γκαλαπάγκος. Οι συνθήκες του περιβάλλοντος αλλά κυρίως η γεωγραφική απομόνωσή τους έχουν συμβάλει στη δημιουργία και ύπαρξη εξαιρετικά υψηλού αριθμού ειδών.
Αξιοσημείωτο είναι πως ανακαλύπτονται συνεχώς καινούρια είδη ως αποτέλεσμα της μεταβολής του περιβάλλοντος. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί η ανακάλυψη το 2011 ενός νέου οδικού πτηνού (Sporophila corvina) από επιστήμονες του Queen’s University και του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας της Αργεντινής το οποίο μάλιστα δεν αποτελεί νέο είδος σπίνου ή άλλου ωδικού πτηνού της Νοτίου Αμερικής αλλά νέο ξεχωριστό είδος.
